Johannes Eppelein wurde 1988 in Regensburg geboren und studierte von 2009 bis 2018 Evangelische Kirchenmusik A, Chordirigieren (Bachelor und Master) und Gesangspädagogik (Bachelor) an der Hochschule für Musik und Theater München. Während seines Studiums war er Kantor an der Jerusalemkirche Taufkirchen/München, außerdem Bezirkschorleiter für die Posaunenchöre im Dekanat München. Berufliche Stationen als hauptamtlicher Kirchenmusiker waren seit 2016 die Christuskirche München (Praxisjahr), die Erlöserkirche Rosenheim (Dekanatskantor) und die Stiftskirche Lahr (Bezirkskantor, A-Stelle). Zum 1. Februar 2023 wurde er zum Kantor an St. Anna in Augsburg berufen.
Von 2017 bis 2019 war Johannes Eppelein Stipendiat des Deutschen Musikrats im „Dirigentenforum“, einem Förderprogramm für Nachwuchsdirigenten. Innerhalb dieses Stipendiums konnte er mit der Singakademie Dresden, dem Philharmonischen Chor Berlin, dem Chor der Oper Leipzig und dem WDR-Rundfunkchor in Kursen mit Prof. Jörg-Peter Weigle, Thomas Eitler-de Lint und Prof. Stefan Parkman arbeiten. Weitere Meisterkurse besuchte er bei Prof. Franz Josef Stoiber (Orgel), Prof. Norma und Timothy Sharp (Gesang) und Klaus Mertens (Historische Aufführungspraxis). Von 2018-2019 hatte er einen Lehrauftrag für ein Chorseminar an der Universität der Bundeswehr München-Neubiberg inne.
Von 2018 bis 2021 und wieder seit 2024 ist er Mitglied des Verbandsrates des Verbandes evang. Kirchenmusiker*innen in Bayern e.V., 2021 außerdem dessen Vizepräsident. Im Juli 2025 wurde er zum Präsidenten des Verbandes evang. Chöre in Bayern „Singen in der Kirche“ e.V. gewählt. 2025 initiierte er die "Bayerische Landesjugendkantorei", den Auswahlchor für junge Menschen zwischen 16 und 27 Jahren der Evang.-Luth. Kirche in Bayern, und ist seitdem deren künstlerischer Leiter.
Für seine Verdienste um die Kirchenmusik erhält Johannes Eppelein 2026 den Jahrespreis der
Buecher-Dieckmeyer-Stiftung. Ebenso wurde Johannes Eppelein am Sonntag Kantate 2026 für seine anspruchsvolle Chorarbeit an St. Anna, sein Engagement in der kirchenmusikalischen Verbandsarbeit und die Gründung der Bayerischen Landesjugendkantorei der Ehrentitel "Kirchenmusikdirektor" verliehen.
Mehrere seiner Kompositionen für Chor, Kinderchor und Bläser sind im Strube-Verlag sowie verschiedenen Bläserheften erschienen.