Der Glockenturm von St. Anna hat eine auffällige Besonderheit: Er steht in einem Winkel von 45° verdreht zum Kirchengebäude. Bautechnisch war das notwendig, weil das Deckengewölbe, auf dem er fußt, die Belastung sonst nicht hätte tragen können. Ein deutlich niedrigerer Turm entstand bereits im 14. Jahrhundert. 1602 wurde er vom berühmten Augsburger Stadtbaumeister Elias Holl (1573-1646) erhöht und neu gestaltet.
In den ersten Jahrhunderten der St.-Anna-Kirche läutete wohl nur eine einzige Glocke im Turm der Goldschmiedekapelle. Nach der Turmerhöhung 1602 erhielt der Hauptturm ergänzend eine auf h' gestimmte Glocke, die 1826 dem protestantischen Friedhof überlassen wurde. 1826 erweiterte man das Geläut auf drei Glocken, die auf e', gis' und h' gestimmt waren.
Im ersten Weltkrieg musste St. Anna zwei der drei Glocken des Hauptturms abgeben (1917). 1925 wurden die verlorenen Glocken durch neue ersetzt. Dabei wurde auch die im Turm verbliebene dritte Glocke von 1826 mit eingeschmolzen. Die drei neuen Glocken waren nun auf es', g' und b', also je einen Halbton tiefer als vor dem Krieg gestimmt.
Auch im zweiten Weltkrieg blieben die Glocken von St. Anna nicht verschont: 1940 musste man die zwei kleinen Glocken der Goldschmiedekapelle abgeben, am 5. März 1942 wurden noch zwei weitere Glocken aus dem Hauptturm demontiert und eingeschmolzen. Erst 1955 wurde das Geläut des Hauptturms wieder dreistimmig: Nun auf die Töne e', g' und a'.
Im Jahre 2011 erweiterte man das Geläut im Hauptturm erstmals in der Geschichte von St. Anna sogar auf vier Glocken. Die vierte Glocke auf c'' wurde in der Glockengießerei Bachert (Karlsruhe) gegossen. Gemeinsam mit den beiden kleinen Glocken im Turm der Goldschmiedekapelle (es'' und f'') rufen in St. Anna heute also sechs Glocken zu Gebet und Gottesdienst.
